Jatkohoito on tärkeä osa oppilaan uuden elämän alkua. Ennen päihdekuntoutuksen päättymistä oppilas tekee vertaisryhmän ja henkilökunnan tuella itselleen selkeän uuden elämän suunnitelman, joka sisältää jatkohoidon: asumisen, yksilöllisen avohoidon sekä henkilökohtaisen urasuunnitelman erilaisine työ-, työkokeilu- ja opiskeluvaihtoehtoineen. Mikkeli-yhteisön kuntoutuksen sovitusti päättävälle oppilaalle järjestetään jo kuntoutusaikana koti: ketään ei Mikkeli-yhteisöstä kotiuteta ilman asuntoa.
Yleensä päihderiippuvuuden jatkohoitoon kuuluu myös kaksi tai kolme viikon mittaista intervallijaksoa Mikkeli-yhteisössä. Entisille oppilaille on tarjolla lisäksi jatkohoidon viikonloppuja, joita järjestetään keskimäärin kolmen kuukauden välein. Entiset oppilaat ovat myös tervetulleita vierailemaan tai tarvittaessa saamaan kriisiluonteista apua yhteisössä. Jatkohoidon viikonloput sekä vierailut yhteisössä ovat maksuttomia.
