Mikkeli-yhteisön perhekuntoutus on tarkoitettu perheille, joiden vanhempien päihteiden käyttö häiritsee lasten elämää. Perhekuntoutuksella voidaan ehkäistä lasten huostaanotto sekä tarjota turvallinen lapsuus ja apu päihderiippuvuuteen.
Perhekuntoutus toimii kiinteänä osana Mikkeli-yhteisöä. Vanhemmat osallistuvat päihdekuntoutukseen ja muuhun yhteisölliseen toimintaan. Täksi ajaksi lapsille on järjestetty päivähoito. Kouluikäiset lapset jatkavat koulunkäyntiään lähikoulussa. Tarvittaessa kaikki yhteisön aikuiset vastaavat lasten hyvinvoinnista ja kasvatuksesta.
Sen lisäksi, että vanhemmat työstävät päihdeongelmaansa, he opettelevat myös uudenlaista vanhemmuutta sekä harjoittelevat perheen arjen sujumista. Perheiden vanhemmat osallistuvat vanhempainryhmään. Perheille tehdään oma kuntoutussuunnitelma. Perhetyö sekä mahdollisesti myös perhe- ja pariterapia kuuluvat perhekuntoutuksen ohjelmaan.
Perhekuntoutus toteutetaan tiiviissä yhteistyössä lähettäjäkunnan lastensuojelun kanssa.